He temido quedarse sin tensión de la batería para arrancar el motor de la embarcación después de ejecutar los componentes electrónicos con el motor apagado. ¿Funcionaría algo tan simple como esta figura? Obviamente ambos son de 12V. La principal es el ácido de plomo de ciclo profundo y la batería auxiliar sería más pequeña. Cuando se muera la electrónica, sabría que arrancar el motor y encender el interruptor y comenzar a cargar ambos nuevamente. 
He visto aisladores de batería, ¿pero eso parece demasiado complicado para esta aplicación? Supongo que eliminaría la necesidad de un interruptor manual y recordarlo. Si no apago el interruptor cuando el motor está apagado, entonces agotaría las dos baterías.
Gracias por cualquier idea chicos. Neil