Respuesta corta: no juegues al casamentero con baterías de iones de litio.
1) Como se explica en los comentarios, las baterías paralelas con diferentes voltajes y bajas resistencias probablemente se incendiarán y ciertamente se destruirán entre sí si se conectan por un período de tiempo. No hagas esto. Va a causar un incendio.
2) Las baterías al mismo voltaje con diferentes capacidades deberán permanecer en el mismo voltaje todo el tiempo porque están en paralelo. En un mundo perfecto, se drenarían de acuerdo con su capacidad, permaneciendo en voltajes iguales todo el tiempo. Este no es un mundo perfecto. Debido a cosas como la resistencia interna y los errores generales (tanto la antigüedad como los defectos de fabricación pueden alterar las especificaciones de las baterías), existe una alta probabilidad de sobrecalentamiento. Recomiendo encarecidamente que no intente esto. Si estuviera realmente desesperado, usaría diodos en los terminales de cada batería para asegurarme de que la corriente siempre fluye en la dirección correcta (lejos de las baterías). El voltaje a través de los diodos aumentará si los voltajes de las baterías divergen, pero el diodo (con suerte) podrá manejarlo. Elegiría diodos con al menos la mitad del voltaje de la batería más grande solo para estar seguro.
3) Las baterías en serie son, en realidad, bastante buenas. Los voltajes se sumarán. En términos de cuáles se descargarían primero, sería un poco complicado, pero debe dejar de usarlos después de que se agote la primera batería de la cadena. Eso significa que si tienes un 100 ah y un 200 ah en serie, solo obtendrías 100 ah en total. Una vez que se agote la primera batería, la resistencia interna aumentará y comenzará a calentarse. Esto puede dar lugar a brechas celulares y similares. Yo recomendaría enfáticamente no usarlos después de este punto.
Si tiene algún problema con alguna de las baterías, deséchelas de forma segura. Son muy peligrosos y no hay que jugarlos a la ligera. Por el amor de Dios, tampoco toquen los terminales juntos o los destruirá permanentemente.