Creo que los "picos" están ahí porque ahí es donde se supone que debe estar el voltaje de salida del 555, pero algo lo está bajando.
Si tienes un 7805 ejecutando el 555 y [555] el pin 3 se reduce a 2V, entonces, suponiendo un buen 555 y 7805, la entrada del 7805 está cayendo por debajo del umbral de regulación del 7805 o la resistencia de la resistencia de base TIP31 es demasiado pequeño.
Si está utilizando su suministro de 12V como entrada al 7805 y la carga lo baja lo suficiente, ese podría ser el problema.
Lo primero que haría, sin embargo, sería verificar la resistencia de la base y asegurarme de que no sea demasiado pequeña.
Si no es así, lo siguiente que haría sería poner mi alcance en la entrada del 7805 para descartarlo, y si no es el problema, todavía conectaría un BFC a través de la entrada del 7805 y 100nF directamente a través de 555 pines 1 y 8. El BFC, solo porque, y el 100nF, porque el 555 tiene un tiroteo horrible cuando cambia. Si es el problema, entonces probablemente la solución sea un suministro de 12V más rígido.