No hay forma de hacer esto en Altium sin escribir un script personalizado. Nos hemos encontrado con el mismo problema al colocar los designadores en la capa de ensamblaje para que todos estén orientados correctamente.
El problema con tu foto "Después" es que no está claro qué etiqueta corresponde a qué componente. Es mucho, mucho mejor que los designadores mantengan el mismo espacio que los componentes. Entonces, si sus componentes están colocados a 0.100 "en el centro entre sí, entonces sus designadores también están a 0.100" en el centro. Tu CM te lo agradecerá cuando necesiten solucionar problemas con las tablas. También recomiendo que cargue sus vías y utilice puntos de prueba SMT en las redes críticas para habilitar las pruebas.