Los pines ICSP son para programar el Arduino directamente con un programador ISP / ICSP. Esto le permite hacer cosas como desordenar con el gestor de arranque / etc. Básicamente, mientras que el gestor de arranque Arduino entiende UART (el negocio Rx / Tx), el microcontrolador AVR no, por lo que si desea programarlo directamente, debe usar los pines ICSP.
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Elconjuntode6pinescercadelpinAREFeselICSPparaelsistemaUSB.LainterfazUSBtienesupropiomicrocontrolador(AFAICTesel ATmega16u2 en Uno Rev 3). Al parecer, la gente lo usa para que sea compatible con el teclado o el mouse.
Con respecto a ese pin solitario, está desconectado. Al observar el esquema , se puede ver que IOREF no es más que un pin de referencia de voltaje de + 5V, y ese pin 1 (el pin desconocido) está desconectado.