Los datos digitales generalmente se almacenan como 1s y 0s en algún nivel. Esa es solo la vista de un nivel en una jerarquía de capas grandes. Debajo de eso, se encuentran las cargas, el cambio de fase del material, los hoyuelos mecánicos, los voltajes en los circuitos activos, las pequeñas regiones de dominios magnéticos y muchas más formas en que las personas han encontrado a lo largo de los años para almacenar bits (1 y 0). p>
Por encima de la capa de bits, hay una jerarquía que finalmente surgió a las aplicaciones como un sistema de archivos por el sistema operativo. Hay varias capas encima de los bits y debajo del sistema de archivos, pero éstas varían según el dispositivo de almacenamiento exacto y el sistema de archivos.
En general, los dispositivos de almacenamiento grandes como discos, presentarán su memoria como "sectores" o "bloques" que son la cantidad mínima que se puede escribir o borrar a la vez. En las unidades flash hay una capa que hace "desgaste de nivelación" que intercambia bloques físicos para implementar los bloques lógicos presentados hacia arriba. Los bloques de flash tienen una duración limitada de escritura y borrado, y esta capa busca desgastarlos lo más uniformemente posible. Los discos magnéticos no tienen este problema, pero a veces tienen una capa de "punto malo" que evita los bloques físicamente defectuosos de los bloques lógicos presentados hacia arriba. Los bloques suelen contener sumas de comprobación CRC implementadas por el hardware.
El sistema de archivos generalmente trata con los bloques lógicos directamente. Utiliza algunos como índice para saber qué almacenó en otros. Algunos sistemas de archivos registran operaciones para ayudar en la recuperación. Existen muchas estrategias para saber qué bloques se utilizan para almacenar el contenido de qué archivos, qué bloques están vacíos, etc. Los sistemas de archivos a menudo agregan sus propias sumas de comprobación a los bloques o archivos lógicos y otras estructuras.
Finalmente, el sistema de archivos presenta una colección de "archivos" al sistema operativo. El sistema operativo generalmente definirá algunos archivos para sus propios fines, y luego presentará algo un poco diferente a las aplicaciones. La diferencia depende del sistema operativo y de su intención de tratar con múltiples procesos posiblemente hostiles y otras preocupaciones.
Finalmente, la aplicación ve colecciones de datos de tamaño arbitrario, llamadas archivos, que puede leer y escribir sin tener que preocuparse por los sectores, bloques o cómo se almacenan físicamente los bits individuales. Los sistemas de archivos modernos tienden a presentar archivos como entidades nombradas en una estructura de árbol.