Las resistencias de pullup internas pueden tener un valor considerablemente más alto que 10k, quizás 50k. (No tengo la hoja de datos Attiny45 a mano, pero otra hoja de datos AVR enumera 20k a 50k para el Atmega328). Eso podría ser demasiado alto para esta aplicación; Sin la hoja de datos del codificador no puedo decir.
La resistencia externa de 10k permitirá tiempos de aumento más rápidos en esas señales de entrada, o lidiará con la capacitancia de cables más largos, o permitirá niveles lógicos mejores si el codificador tiene una corriente de fuga significativa en "estado apagado".
Tiene sentido diseñar el esquema y la PCB para permitir la instalación de resistencias externas (a menos que el tamaño o el peso sean REALMENTE críticos para su aplicación, siempre puede dejarlos en un lugar donde (quizás los cables sean cortos) no los necesita .
EDITAR: la hoja de datos del codificador no le dice precisamente nada útil a este respecto. Sin embargo, SI este sensor es representativo, (los enlaces a < a href="http://sensing.honeywell.com/index.cfm/ci_id/141046/la_id/1/document/1/re_id/0"> esta hoja de datos ) la "corriente de fuga de salida" es máxima 10 microamperios: con un pullup de 50 kilohm, eso significa un voltaje de salida de 0.5V menos de lo esperado. Probablemente jugaría seguro y agregaría las resistencias: 10k estaría bien.