Está utilizando un MOSFET de canal N, para que entre en estado "encendido" (baja resistencia) Vgs debe ser grande, digamos 5V. El voltaje más alto que tienes es 36 V (+ nodo de batería). Incluso esto no activará completamente el NMOS. Necesitarías al menos 41 V en la puerta.
En su lugar, usaría un PMOS, entonces simplemente puede tirar de la puerta hacia abajo.
¡Pero para apagarlo, la puerta del PMOS debe colocarse a 36 V!
Un AVR no puede manejar esto, por lo que necesitaría un transistor adicional para bajar la compuerta del PMOS.
Un 1n4001 no es lo suficientemente rápido para este tipo de aplicaciones, mejor use un diodo Schottky.
¡Hay un defecto fundamental en tu circuito! ¡No tiene limitación de corriente!
Esto es un problema, especialmente cuando la batería tiene un voltaje bajo y el inductor se satura. La corriente solo estaría limitada por la resistencia en serie de las baterías y esto es MALO, ¡evítelo a toda costa! (¡Tus cables podrían derretirse!)
¡Echa un vistazo a este formulario de documento TI y aprende cómo se hace!
Si realmente quieres construir esto, te recomiendo encarecidamente que uses un IC para eso, pero presta atención al voltaje de la batería de 36V, no todos los IC pueden manejar eso.
También hay una gran cantidad de módulos ya listos para la venta en eBay, que serían más convenientes ya que la disposición de un convertidor conmutado no es algo para un principiante.
En general, no desea que un AVR o cualquier microcontrolador controle un interruptor convertidor de CC a CC. Son demasiado lentos, el software podría atascarse con el interruptor encendido. La corriente será descontrolada. EVITAR !!!
No entiendo lo que quiere decir con "diseñado para puentes"?
