En primer lugar, el punto central de JTAG es que permite que el software de prueba manipule los pines del dispositivo para probar sus conexiones externas a otros dispositivos en la placa. La capacidad de manipular el estado interno del dispositivo es una función secundaria. Por lo tanto, debería ser obvio que será posible hacer que los pines ejecuten el protocolo requerido para escribir datos en la memoria flash.
Sin embargo, esto tiende a ser bastante lento en la práctica, debido a la gran cantidad de transacciones JTAG requeridas para realizar una sola escritura flash. Por lo tanto, la mayoría de los sistemas de desarrollo descargan un diseño pequeño y fijo al FPGA cuyo único propósito es escribir en la memoria flash, y luego le transfieren los datos de configuración utilizando un protocolo más eficiente (aún sobre la interfaz JTAG).