Al leer su pregunta y mirar la hoja de datos del codificador, está claro que su codificador está equipado con lo que se denomina "salida PNP". Ese estilo de salida generará corriente desde el suministro positivo del dispositivo para un estado lógico y apagará esa corriente para el otro estado lógico. Para acomodar ese tipo de salida de codificador, necesita darle a su MCU un circuito tipo "entrada NPN". Hay varias maneras de hacer esto con varios tipos de circuitos, componentes y chips.
Posiblemente, el circuito más simple y robusto para enfrentar esto sería utilizar la siguiente idea si no le importa usar componentes discretos de bajo costo.
EldiodoD1secolocaenelcircuitoparaprotegereltransistorNPNenelcasodequehayapicosnegativosenelcabledelcodificadordebidoalaperturbacióndeotraspartesdelamáquina.
Estecircuitofuncionarábienparalamayoríadelasvelocidadesenlasquefuncionaríaelcodificadorysolousaríasalidasdeunsoloextremodelcodificador.SisucodificadortieneunaltorecuentodelíneasyalcanzasumáximoRPM,esposiblequelasconexionesdetipoPNP/NPNnoproporcionenunrendimientodeconmutaciónlosuficientementerápido.Enesoscasos,querráusarlosparesdesalidasdiferencialesparalassalidasA,By0delcodificadoryobtenerlapartequetienelassalidasdelcontroladordepardediferenciasde5V.Luego,suladoMCUusaríaunreceptordiferencialparalasseñales,comosemuestraenlahojadedatosdelcodificador: