Usar "MOSFETS de potencia" para modelar el consumo de energía de FPGA no es una idea correcta, no tienen características comunes con mecanismos de disipación de potencia en lógica digital. La pregunta sobre "paralelo" o "en serie" no parece estar bien pensada, FPGA usa rieles de energía de bajo voltaje y la conexión "sereis" de elementos de disipación obviamente no tiene lugar aquí.
La disipación de energía de los FPGA depende de (a) la disipación estática (a través de la fuga), y (b) la disipación dinámica, que depende de cuántas puertas están cambiando y a qué frecuencia. Aquí hay un Artículo de Altera / INTEL que proporciona una visión general de los modelos. Obviamente, el modelo debe basarse en un diseño lógico particular (porque solo así se puede saber el número de puertas de conmutación y su frecuencia), que solo puede ser determinado por el compilador VHDL y la herramienta de estimación de potencia asociada.
Pero si te refieres a "modelo térmico" para un paquete FPGA de 150 vatios con esparcidor térmico, entonces sí, cualquier conjunto de elementos adecuadamente distribuidos (resistencias o MOSFETS de potencia) hará el trabajo, independientemente de la conexión en paralelo o en serie.