Si su sistema de archivos es de solo lectura, use ext2. Se ha comprobado que es estable durante varias décadas, es rápido y eficiente, admite la propiedad, admite bits de permiso y tiene una base de usuarios enorme como lo hace cada caja de Linux. En otras palabras, es compatible con todo lo que requiere un sistema Linux decente.
Si la opción de solo lectura no es una opción, su próxima mejor apuesta es ext3. Aparte de todas las propiedades con las que viene ext2, ext3 trae el diario. Esto significa que cada cambio en el disco solo se confirma una vez que se ha escrito en el disco. Tecnología muy estable y probada. Un problema con ext3 es la nivelación de desgaste.
Ext4 mejora el rendimiento en varios casos de uso, pero viene con más sobrecarga de CPU. La mayoría de las distribuciones de hoy por defecto son ext4. Aparentemente reduce las escrituras innecesarias, lo que es bueno para un SSD. Ext4 tiene una extensión TRIM.
A continuación en línea BTRFS. No vayas alli Aunque varias distribuciones ofrecen BTRFS o incluso están predeterminadas, no fue estable la última vez que lo probé (H2 2012). No desea utilizar un sistema de archivos que no se haya probado bajo estrés. Se están arreglando demasiados errores.
Linux ofrece una gran cantidad de sistemas de archivos, pero los que mencioné anteriormente son los más comunes.
Por supuesto que hay FAT32 (vfat), no vayas allí. Es antiguo, sufre fragmentación y no permite la propiedad ni los permisos de archivo.
NTFS es de código cerrado, ni siquiera lo pienses. Sí, un poco funciona en Linux, pero la implementación está totalmente basada en ingeniería inversa (porque Microsoft no publica ningún detalle técnico) y la implementación de Linux simplemente no es confiable.
Un JFFS2 debe explorarse completamente en un montaje, por lo que el tiempo de montaje aumenta linealmente con el tamaño del dispositivo. Esto se debe al hecho de que no hay algún tipo de estructura de árbol para almacenar archivos.