Si es una versión reciente de Eagle, puede abrir los archivos .brd y .sch con un visor de texto, ya que básicamente son archivos de texto XML. Esto puede darle una idea de lo que está sucediendo o una forma de solucionarlo.
Por cierto, el águila también guarda algunas copias de seguridad (el número exacto es configurable) de los últimos guardados.
Por ejemplo, las copias de seguridad de .sch se verán así:
mysch.s#1
mysch.s#2
...
Similarmente, las copias de seguridad .brd se verán así:
mybrd.b#1
mybrd.b#2
E incluso las copias de seguridad de la biblioteca (guardados anteriores) se verán de la siguiente manera:
mylbr.l#1
mylbr.l#2
...