Dada su línea de base de 1 GHz ARM, está viendo una placa multicapa (8 capas, por ejemplo) con un paquete BGA de alto número de pines. Un AM3539 es un paquete PBGA de 324 pines. Suponiendo que no vaya paquete por paquete para la memoria, está viendo una gran cantidad de interconexiones de alta velocidad, todas las cuales deben ser equilibradas y ajustadas a la impedancia. Comenzarías con una licencia de 5 grandes para Altium Designer o algo similar.
Puede echar un vistazo a las plataformas de hardware como Beaglebone y Pandaboard que le dará una excelente idea de la escala involucrada. Hay algunos videos terroríficos en YouTube ( ejemplo ) que muestran el enrutamiento involucrado con DDR3.
Lo que estoy haciendo actualmente es diseñar una placa base alrededor de un SoM: un sistema en el módulo (A Gumstix ). Todo el horror está resuelto, pero tienes un montón de acceso de bajo nivel a los pines.