Hay ventajas en usar un chip USB separado y permitir que el AVR se comunique a través de su UART.
Una pila USB tiene que responder al sondeo desde la PC host. Esto sucede al menos cada milisegundo. Eso significa que es aún más difícil garantizar una respuesta dura en tiempo real a los eventos, ya que la MCU podría interrumpirse para responder a la encuesta USB del host.
Cuando no hay nada que comunicar, o la MCU quiere enfocarse completamente en una tarea en tiempo real, todavía tiene que responder a algunos eventos de sondeo USB del host, o el host "perderá" el dispositivo. Por eso es difícil de ignorar. Un chip USB dedicado, como un FTDI, descarga esas tareas del AVR.
Un pequeño problema es que la pila USB consumirá una cantidad razonable de memoria flash y RAM, por lo que el chip necesita más recursos que un simple AVR.
Además, las dos partes se pueden separar en dos tarjetas, por lo que el USB no es un costo fijo, sino que se puede compartir en varias tarjetas.
En el lado inverso, la principal ventaja de usar un AVR con un periférico USB y una pila USB integrados es que solo hay una parte para comprar y ensamblar.
No lo he comprobado recientemente, pero creo que los nuevos chips FTDI proporcionaron una tasa de transferencia de datos USB más alta que la del AVR. Sin embargo, los UART AVR fueron tan lentos que un AVR con USB es más rápido que la combinación de FTDI (o cualquier interfaz USB) que se comunica a través de la UART del AVR debido a la UART AVR lenta.
Editar: FTDI hace otras interfaces que UART. Por ejemplo SPI. No tengo experiencia en usarlos. Algunos AVR admiten la transferencia SPI de 9 (quizás 12) megabits. El FTDI es el maestro SPI, que no es ideal. Si el AVR está transmitiendo, podría estar bien. Los FTDI sí tienen búferes, pero la recepción podría ser "como beber de una manguera de bomberos". AFAIK, tendrá que trabajar en la PC host para que funcione.
La transferencia de velocidad más alta podría a través de una tarjeta hija de 100 Mbits Ethernet, pero no he visto mediciones de rendimiento.
Estoy feliz de usar otros microcontroladores que no sean AVR. Así que podría usar algo con un UART rápido y un controlador DMA que podría mover personajes sin la participación de la CPU. Si ese es un enfoque útil, quizás vea el Arduin Due o el mbed, el ST mbed se llama nucelo, que es de bajo costo.