¿Se está agotando la batería?

En un circuito abierto, no fluye corriente, por lo que la batería debe durar tanto como su vida útil normal (es decir, no está en uso). Ambas configuraciones son efectivamente idénticas.

Para responder a tu pregunta "¿Cuál usarías?" Ya que son eléctricamente equivalentes, usaría lo que fuera más conveniente y coincidiera con el diseño físico. (Para evitar tener que ejecutar cable extra, por ejemplo).

  

¿Se está agotando la batería?

Sí. Sí lo es. Por su tasa interna de autodescarga. Consulte ¿Cómo puedo ¿Calcular la tasa de auto descarga de una batería de plomo ácido?
No hay nada que pueda hacer al respecto, aparte de usar la batería antes de que pueda descargarse primero.

  

¿Cuál de estas configuraciones (A o B) es mejor en términos de ahorro de vida útil de la batería (para que la batería dure más tiempo si nunca hay un intruso)?

Ninguno es mejor.

  

hay incluso una diferencia entre las 2 configuraciones. Soy un novato.

No hay diferencia. Un circuito en serie desconectado se desconecta, no puede fluir corriente (no entra en alto voltaje y se arquea a través de espacios de aire).

Hay un solo circuito simple y el "disparador" lo rompe en ambos casos. Ambos circuitos son equivalentes aunque los componentes están en diferentes órdenes.