Sí, puede medir la temperatura del agua con un sensor sin contacto. Con un poco de cuidado.
La emisividad del agua se trata de 0.98 , que es perfecta para estos sensores. Los reflejos del fondo no confundirán el sensor. Lo mismo se aplica al vidrio, también es solo un cuerpo negro en longitudes de onda IR térmicas. Cualquier superficie metálica tiene una baja emisividad y reflejará el fondo, en lugar de mostrar su propia temperatura.
Todavía debes cuidar las corrientes de aire. En particular, si el agua está cerca de la ebullición, tendrá algunos problemas para mantener el vapor alejado del sensor, mientras no sopla aire sobre el sensor.
Además, debes considerar la fracción del cono de sensibilidad que cubre el agua. El sensor que mencionas no tiene lente, por lo que es probable que sea sensible a más de un ángulo de 90 grados. Probablemente deba realizar una calibración para tener en cuenta el entorno frío del agua.
Finalmente, considere usar un dispositivo todo en uno como el TMP006 de Texas Instruments, que hace todo el análogo duro cosas para ti, y se presenta como un dispositivo I2C.