Para TTL en serie (y otros dispositivos lógicos en general) la conexión de una salida a dos entradas suele ser correcta, pero la conexión de dos salidas es un no-no. En este caso, con el lado USB desconectado, la línea TXO será impulsada a un nivel alto, que es el estado de inactividad normal para la serie TTL. Entonces, el puerto de programación no podrá conducir de manera confiable la línea baja e incluso si puede causar una disipación de calor excesiva y daños en los componentes.
Por lo tanto, querrá que un puente cambie entre TXO en el módulo FTDI y TX en su puerto de programación para que solo uno esté conectado a la línea RX en el microcontrolador sin que estén conectados entre sí. Para la salida de TX del microcontrolador, no debería importar si está conectado a ambos, siempre que esté de acuerdo con que los datos se envíen a ambos durante la programación. No causará problemas con el módulo FTDI, pero sí significa que se enviará "basura" a través del puerto USB CDC si está conectado y abierto durante la programación.