Parece que tiene algún tipo de error de cableado, o tal vez una entrada flotante si está utilizando piezas CMOS. Suponiendo que está utilizando un decodificador-controlador de 74x47.
La familia 7447 no está completamente decodificada, por lo que si le das un número mayor que 0x1001, mostrarán algo que puede parecer extraño.
Editar: Si el cableado está bien, lo más probable es que tenga un problema de energía. Asegúrese de tener un capacitor de bypass cerámico de 0.1uF muy cerca de las clavijas de conexión a tierra y potencia 7490. Intente reducir la corriente de la pantalla en 10: 1 y vea si el problema desaparece (puede colocar una resistencia en serie en el ánodo solo para una prueba; los segmentos serán desiguales, pero es más fácil que cambiar las 7 resistencias).
El debouncing incorrecto no debería causar este problema porque esos conteos nunca deberían aparecer si el contador está funcionando correctamente. Si puede detenerlo cuando muestra un dígito no válido, pruebe las entradas con un medidor y vea lo que leen.
Edit2: parece que no hay resistencias en las líneas de segmento. Esto es muy malo y puede dañar la pantalla o el chip del controlador. También puede alterar el suministro causando su problema. Pruebe aproximadamente 500 ohmios en cada línea (7 resistencias), por ejemplo. 470 ohmios o 560 ohmios. También DEBE tener un condensador cerámico de 0.1uF o superior desde Vdd hasta GND y debe estar cerca del 7490 (un par de cm como máximo). Y otro a través del poder 555. Y ate las entradas no utilizadas a GND o de +5 a 1K (74xx) o directamente (todos los demás tipos, como 74LSxx).