Es un poco peculiar con Eagle, pero un polígono tiene un "ancho" asociado, como cualquier otra pista. Establece el ancho de la abertura utilizada para "pintar" el relleno dentro del polígono. Si este ancho es demasiado grande, entonces no puede pintar el camino a las almohadillas muy separadas, como ha encontrado.

La solución es configurar el polígono para que use un ancho menor. Esto permite que el polígono fluya hacia espacios más reducidos, antes de ser bloqueado por las reglas de espacio.