En última instancia, la cuadrícula que realmente utiliza su diseño está integrada en el archivo Gerber que exporta desde su herramienta PCB. Los archivos que genero de Eagle están en pulgadas, con 3 o 4 dígitos a la derecha del lugar decimal. Eso me pone en una cuadrícula de 1 mil.
Cuando estés usando partes con diferentes unidades (Métrico vs. Pulgadas), es probable que tengas un poco de alineamiento incorrecto en la cuadrícula, pero será muy pequeño. Si su diseño utiliza las reglas de espacio mínimo, es posible que surjan algunas violaciones de espacio.
En resumen, la única cuadrícula que realmente importa es a la que exporta su diseño. Cualquier otra cuadrícula es por conveniencia.