Puede que esta no sea la respuesta que está buscando, pero considere esto:
Es posible que tenga una mejor experiencia de aprendizaje comenzando con los AVR de 8 bits, también de Atmel. Todas las MCU de Atmel son compatibles con IDE AVR Studio de Atmel, por lo que aprendes el IDE una vez y lo sigues utilizando cuando te mueves a las MCU más potentes.
¡El IDE es fantástico, realmente mejoró con la versión 6 y viene con asistencia visual gratis!
Con respecto a un depurador / programador. ¡Invertiría un poco de dinero y compraría el JTAGICE MKII y evitaría a todos los programadores y depuradores de terceros! Cuando comencé, utilicé un programador externo con AVRDude y todo tipo de aplicaciones de terceros y perdí mucho tiempo configurando el entorno solo para comenzar. Ahórrese la molestia, ese extra de $ 100 - $ 200 vale mucho menos que su tiempo. Por supuesto, el JTAGICE MKII también es compatible con todos los protocolos que utilizan las MCU de Atmel (JTAG, ISP, debugWire).
Su mejor fuente para cualquier cosa Atmel - www.avrfreaks.net que es una comunidad de desarrolladores y asistencia como ninguna otra.