Hiciste una pregunta amplia y muchos factores entran en juego.
Primero, debe comprender por qué tiene lugar el condensador y qué pasa, desde el punto de vista físico, a todos los componentes involucrados.
En su ejemplo, el condensador de desacoplamiento "protege" el chip U1 del ruido generado por la fuente de alimentación y otros componentes conectados a los rieles de alimentación. Y, al mismo tiempo , protege a otros componentes del ruido generado por la operación de U1.
Su tarea, como diseñador del circuito y , para garantizar que tantos componentes como sea posible estén protegidos contra interferencias. En circuitos simples de baja frecuencia como los suyos, que tienen solo dos componentes, puede que no importe dónde coloque la tapa, pero de todos modos recomendaría colocarlo "antes" del chip, o exactamente entre sus pines, si es posible. En circuitos más complejos y sofisticados puede colocar condensadores entre pines, o entre circuitos integrados; todo esto depende de la frecuencia de ruido que podría generarse por el funcionamiento del IC (o cualquier otro componente) y la posible interferencia entre estos componentes.
Y por último, pero no menos importante. Tenga cuidado al acercar los condensadores de desacoplamiento con una gran diferencia en sus valores. No lo experimenté todavía :) pero escuché que en situaciones desfavorables los condensadores y la placa pueden formar un circuito de oscilación que puede afectar gravemente la calidad de la energía.