Parece que tienes dos (o más) problemas. Primero, su señal de salida parece estar acoplada en CA, por lo que no está viendo el nivel de CC. Pero lo que cabría esperar en ese caso serían dos picos, uno en cada borde de la onda cuadrada en direcciones opuestas.
Lo que nos lleva al segundo problema. Usted está manejando un MOSFET bastante robusto con una resistencia pullup de valor bastante alto a una frecuencia relativamente alta. Además de eso, su sonda con lo que esté conectado está agregando aún más capacitancia. Así que, cuando el MOSFET se enciende, se ve un fuerte aumento negativo, pero una rampa lenta cuando se apaga.
La capacitancia parece ser bastante grande en comparación con la capacitancia de salida típica de 315pF del MOSFET. Verifique la capacitancia de la sonda y use una configuración x10 si es posible. También verifique que la resistencia sea en realidad 1K y no 10K (a veces los códigos de color pueden ser confusos, especialmente si mezcla resistencias de 4 y 5 bandas).