Eso no funcionará en absoluto.
El regulador de resistencia / zener extraerá constantemente la corriente de la batería, drenándola lentamente incluso cuando el controlador no esté haciendo nada. Dependiendo de la vida útil prevista de la batería, eso podría ser un problema o no.
El mayor problema es que cada vez que su controlador enciende el LED, su voltaje de alimentación descenderá dramáticamente y el LED apenas brillará. La resistencia de la serie de 330 ohmios del LED forma un divisor de voltaje con la resistencia de 22k que está en serie con la batería. Cuando el LED está encendido, simplemente reducirá la tensión de alimentación porque la resistencia de 22k limita la corriente disponible a casi nada. Además, el controlador podría fallar debido a la repentina caída de voltaje.
Debería usar un regulador lineal de baja caída de 5V. Alternativamente, puede conectar el LED al terminal positivo de la batería directamente y luego tirar a tierra a través del controlador. Entonces podrías seguir usando el regulador Zener débil para el controlador. No olvide colocar algunos condensadores de desacoplamiento en los rieles de suministro.
Editar: Si el LED simplemente parpadea a una frecuencia constante, también puede usar un temporizador IC NE555 en lugar del microcontrolador. Eso no necesitaría ningún regulador de voltaje ya que el NE555 puede operar desde 6V directamente.
Edición 2, explicación de por qué se forma un divisor de voltaje: cuando el controlador enciende el LED, la corriente debe fluir a través de la siguiente ruta: terminal positivo de la batería, D1 (Schottky), resistencia de 22k, microcontrolador, resistencia de 330 Ohm , LED, terminal negativo de la batería. La corriente de salida de los pines del controlador tiene que venir de algún lugar, y ese "en algún lugar" es el pin Vdd del controlador. Que tiene la resistencia de 22k en serie con él. Por lo tanto, las resistencias de 22 ky 330 ohmios están en serie, formando un divisor de voltaje.