Los pines que pueden ser utilizados por SPI, I2C y el hardware de interrupción pueden restringir su selección de pines.
El diseño de su tablero también podría influir en la selección de pines.
Para corrientes de salida (relativamente) altas (generalmente no es una buena idea IMO), algunos chips tienen un límite por puerto, lo que favorecería la elección de pines para una salida de corriente más alta de diferentes puertos.
(copiado de la respuesta de Jeroen3) Cuando está muy hambriento de corriente, puede ser bueno deshabilitar los puertos no utilizados, lo que puede favorecer el uso de pines en puertos ya utilizados.
Cuando debe copiar rápidamente un valor de múltiples bits a una cantidad de pines, será mucho más fácil cuando esos pines estén en un puerto (y aún más fácil cuando sean consecuentes y comiencen desde el bit 0).
Aparte de esos aspectos, no veo que sea una diferencia significativa el pin que elija, desde el mismo puerto o desde diferentes.