El microcontrolador en el corazón del Arduino puede manejar aproximadamente 40 mA de corriente por pin. Conectar el LED (aparentemente sin una resistencia limitadora de corriente) directamente a 5 V y tierra hará que se queme, ya que extrae más de su corriente máxima nominal.
El pin 13 también será de 5V, pero la corriente está siendo limitada (no de una buena manera) por el microcontrolador. El LED intentará tirar más, pero el microcontrolador no puede fuente, por lo que el LED no se apaga (tan rápido). Sin embargo, el microcontrolador no está diseñado para ser un limitador de corriente, por lo que la conexión de un LED directamente a un pin de salida puede causar daños con el tiempo. Cuánta corriente intenta tirar el LED, depende del LED.
La mayoría de los LED estándar funcionan con aproximadamente 20 mA, y pueden manejar duraciones más cortas de mayor corriente.
Debe usar una resistencia limitadora de corriente con su LED, independientemente de si usa un pin digital o lo conecta directamente a Vcc.