Mirando alrededor de la red puede encontrar valores para la resistencia interna de baterías de 9V de aproximadamente 1 a 2 Ohm. Lo que encaja perfectamente con la imagen de 6 celdas de 1.5V en serie, donde se pueden encontrar valores de alrededor de 0.2 Ohm de resistencia interna.
A 100 mA habrá una caída de voltaje de 0.2V, no debería ser un gran problema.
En general, a las baterías no les gustan las corrientes puntiagudas y un condensador de tamaño razonable (1µF o algo así) cerca de la entrada LM317 probablemente ayudará a reducir un poco la tensión en la batería. La resistencia interna y la resistencia del cable junto con el capacitor de entrada formarán un filtro de paso bajo que suavizará los picos que verá la batería.
También la hoja de datos sugiere que el condensador de salida mejorará las respuestas transitorias, lo que podría ser beneficioso para su aplicación. (un motor se enciende y se apaga, o ¿funciona siempre?)