orientación MOSFET en el esquema

Tienes un error en tu interpretación. En el esquema, el diodo interno apunta desde la fuente al drenaje (el FET se voltea de la figura, no se gira). Cuando el voltaje de la compuerta es positivo, la corriente fluirá desde el drenaje a la fuente, lo que coincide con el esquema si el diodo interno es de la fuente al drenaje.
Otra forma de decirlo sería la flecha en la parte inferior del FET en el esquema. Esto corresponde a la flecha en la figura (la flecha pequeña en la pata de la fuente). Esto significa que la pata inferior es la fuente, por lo que el diodo interno va de la fuente al drenaje.

Es importante si cambia los pines porque los FET no funcionarán correctamente. En lugar de estar encendidos, simplemente harán circular la corriente continuamente a través de ese diodo interno. Mientras todo lo que esté más abajo del FET pueda manejar esa corriente constante, estará bien, pero no funcionará como se esperaba.
Así que para hacer prototipos no dañará nada y solo tendrás que darle la vuelta. Sin embargo, si tuviera una placa de producción al revés, sería un gran problema, ya que su FET actuaría como un cortocircuito y, dependiendo del diseño de su pad, podría ser difícil girarlo.