Las direcciones MAC no tienen nada que ver con la capa PHY. Estos son relevantes en la capa MAC, que es, por supuesto, la razón por la que se denominan direcciones "MAC" en primer lugar.
Se supone que cada MAC Ethernet tiene una dirección de 48 bits única a nivel mundial. Supongo que sería posible para un fabricante crear MAC con direcciones integradas y luego serializarlas en producción. Sin embargo, no estoy al tanto de que se haga para MAC o PHY. Algunos módulos hacen esto ya que tienen su propio procesador y EEPROM.
Usualmente el MAC tiene registros que están programados con la dirección MAC por el controlador durante la inicialización del sistema. Ese controlador normalmente lee su dirección MAC asignada desde algún tipo de memoria no volátil que se personaliza durante la producción.