La suya es una pregunta mucho mejor de lo que parece en la primera lectura.
La transformada de Fourier de un seno / coseno es un par de funciones delta \ $ \ delta \ $ de Dirac en \ $ \ pm f_c \ $. La función delta de Dirac se puede considerar como el equivalente en frecuencia continua de los coeficientes de frecuencia discreta de la expansión de la serie de Fourier .
La razón por la que los mezclamos en EE es debido a la conveniencia analítica. Mira el siguiente ejemplo.
Supongamos que, como parte de un sistema de transmisión, tenemos un modulador que toma una señal de banda base \ $ x (t) \ $ y modula un operador \ $ \ cos (\ omega_c t) \ $ con él, de modo que obtener una señal modulada \ $ s (t) = x (t) \ cos (\ omega_c t) \ $.
Si queremos calcular el espectro \ $ S (f) \ $ de la señal modulada \ $ s (t) \ $ we do necesitamos la transformada de Fourier del operador \ $ \ cos (\ omega_c t) \ $. En este caso:
$$
S (f) = \ frac {1} {2} [X (f-f_c) + X (f + f_c)]
$$
donde \ $ X (f) \ $ es la transformada de Fourier (a.k.a. espectro) de \ $ x (t) \ $.
Por lo tanto, los componentes espectrales de señal de banda base de \ $ x (t) \ $ se han "movido hacia arriba en el espectro de frecuencias" alrededor de la portadora \ $ f_c \ $. Este resultado es la piedra angular de las comunicaciones de radio.
Pero, ¿cómo obtuvimos el resultado anterior, que parece engañoso simple? Se obtiene a partir de la convolución de \ $ X (f) \ $ con la transformada de Fourier del transportista (el par delta de Dirac que mencionamos al principio). Este cálculo directo no podría haberse realizado sin utilizar la transformada de Fourier de la función seno / coseno. Por eso lo definimos: porque lo necesitamos.
Al final, el punto es que en EE usualmente usamos funciones periódicas seno / coseno junto con una señal de información aperiódica, y necesitamos analizarlas juntas dentro del mismo marco matemático : la Transformada de Fourier.