Creo que encontré una respuesta para todas mis dudas y la estoy compartiendo aquí:
Según este video: enlace cuando la batería del motor está encendida y el inducido está girando tenemos ambas reglas (mano derecha e izquierda) actuando simultáneamente.
La regla de la mano derecha "genera una corriente" (en realidad una tensión) en la dirección opuesta a la tensión aplicada por la batería, pero es más débil que la batería y la tensión resultante es positiva (por lo tanto, se mantiene la corriente hacia adelante y no revertir). Esto se llama back emf .
Aquí hay otra gran explicación sobre back emf: enlace
Si el motor usa un imán permanente, entonces si cortamos el voltaje aplicado, el motor continuará girando debido a la inercia y solo quedará el emf posterior, por lo que el voltaje de retorno (negativo) generará una corriente en el sentido opuesto. La dirección y nuestro circuito necesita una protección.
Pero si estamos usando un motor de CC que usa un electroimán en lugar de un imán permanente (como el motor usado por Adafruit en la pregunta), entonces el motor básicamente tiene un inductor en su interior. Este inductor (el electroimán) se puede conectar en paralelo (motor de derivación) o en serie como se explica aquí: enlace
Como el inductor tiende a mantener el mismo flujo de corriente, cuando se desactiva el voltaje aplicado, este inductor intentará mantener la corriente en la misma dirección que actúa como generador. Y este inductor suele ser más fuerte que la fem posterior, por lo que no causa una corriente inversa.
Así, en el esquema presentado por Adafruit, el diodo solo protege contra la inductancia dentro del motor de CC. No protege (y realmente no necesita proteger) el circuito contra la corriente inversa a menos que alguna persona mala haga girar el motor mientras está apagado.
