¿Cuál sería la causa raíz de estos problemas
Un enrutador producirá polvo mientras funciona. Parte del polvo terminará en tu tablero.
También puede haber una operación de lijado para suavizar los bordes de la tabla después de la despanelización, donde se podría producir polvo.
El polvo debe ser de fibra de vidrio (suponiendo que diseñó la placa con espacio libre de cobre desde el borde de la placa), por lo que normalmente no debería afectar el funcionamiento de su circuito. Si va a utilizar su tabla en un ambiente de sala limpia o algo así, puede que tenga otras razones para no querer que se acumule polvo.
y cómo podemos evitar que vuelva a suceder.
Puede hablar con su proveedor, tal vez solo necesiten ajustar el sistema de recolección de polvo en la máquina enrutadora. Pero esto probablemente no eliminará al 100% el polvo en el tablero.
Puede usar cizallas para despanelizar los tableros en lugar de un enrutador.
Podría requerir que su proveedor limpie los tableros después de despanelizar.
Podrías lavar tus tablas luego de ensamblar las piezas en ellas, lo que harías de cualquier manera para eliminar el flujo de soldadura.