Esto no te ayudará mucho, pero recuerdo haber mirado ese sensor en particular hace aproximadamente un año y haber sido rechazado por la velocidad de datos. Lanza aproximadamente 3 millones de píxeles a 50 + MHz. No tenía ni idea de dónde colocar esos datos o cómo mantenerse al día. Usted está en el área de usar un procesador FPGA o XMOS y una pila de RAM.
Habiendo visto el proyecto Arducam que mencionas, veo que eso es exactamente lo que están haciendo. Si eso es lo que está preguntando: "¿Cómo uso el módulo de arducam con un microcontrolador? Entonces la respuesta parece ser" con una interfaz SPI para los datos e I2C para el control ". Se ve muy bien en realidad!
Editar: Sin mirarlo con demasiados detalles, asumo que el Arduino se está usando solo para el control. Necesitarías una computadora real como una Raspberry Pi para hacer algo con tanta información.