Ya que va a utilizar el gestor de arranque ROM, la MCU ejecutará el código. No es como JTAG que puede detener el procesador. Es solo que el código en ejecución no es tuyo.
Esto simplemente significa que el chip se comportará exactamente como lo hace en la operación normal, ejecutando su firmware.
Para iniciar el gestor de arranque ROM debes reiniciar la MCU. Esto significa que todos los registros estarán a valores de restablecimiento, excepto los cambios en el firmware de la ROM. Como es obvio, este firmware de fábrica solo cambiará los valores en los registros necesarios, por lo que solo los pines utilizados por el gestor de arranque no tendrán el valor de restablecimiento. Todos los otros pines esperaría tener el valor de restablecimiento.
Si está utilizando pines que usa el cargador de arranque para diferentes operaciones, entonces necesita un multiplexor de hardware. Si, por ejemplo, el cargador de arranque usa algunos pines para la comunicación UART, y su aplicación usa los mismos pines para controlar otra cosa.
Para los otros pines, estarán en modo de entrada. Esto se debe a que es un estado seguro para la MCU (no puede fallar ninguno de sus GPIO), pero puede que no sea seguro para su aplicación, ya que estos pines pueden estar flotando.
Siempre (y no solo por el cargador de arranque), debe agregar resistencias de pull-up o pull-down para definir un estado predeterminado para todas sus salidas, mientras que la MCU no puede controlarlas.