Sí, este servicio está disponible.
No lo haría el fabricante de PCB. Simplemente graban bonitos patrones en el cobre y laminan las láminas de fibra de vidrio (y perforan agujeros, cubren con la máscara de soldadura y aplican el acabado de la superficie).
Tu taller de ensamblaje podría tener la capacidad de hacerlo.
Si no, hay otras compañías que se especializan en este trabajo. Normalmente, ellos programarán los chips (EEPROMS o microcontroladores o CPLD o lo que sea) antes de ensamblarlos en los tableros.
Dependiendo de la parte que se esté programando y del volumen requerido, el proveedor de chips (o un distribuidor) también podría proporcionar los chips preprogramados.
Si su taller de ensamblaje no realiza el proceso interno, es posible que pueda subcontratarlo a un taller especializado.
En mi experiencia, el proceso se denomina "carga de firmware" o "programación EEPROM".