Los microcontroladores de la serie AT32UCxxx no tienen una sencilla Programación en el Sistema SPI como los microcontroladores Atmel de 8 bits más pequeños. Requieren que ICE-JTAG sea programado. Puedes hacer un clon AVR Jtag Ice. No estoy seguro de qué tan compatible sería. cualquier Arduino dado o el Arduino Bootloader.
Pero la otra forma de programar la serie AT32UCxxx es ... El cargador de arranque USB integrado con el que se envía. . No se necesita programador de hardware especializado. Todo lo que necesita es un cable USB (o cable + conector) y dos resistencias en serie, además de la fuente de alimentación y los dispositivos pasivos necesarios.
Este sitio tiene las instrucciones para crear un tablero AT32UC3B simple desde el principio.