No sé Eagle, pero en otras herramientas, la diferencia tiene que ver con cómo se generan los gerbers.
Para un plano de poder, los gerberos se generarán como una imagen negativa. El archivo gerber indicará las características de las regiones o formas en las que se debe eliminar el cobre.
Para las capas de señal, los gerberos indicarán las características de las formas donde se debe retener el cobre (no grabarlo).
Esto puede tener un gran efecto en el tamaño de los archivos gerber. Para un polígono en una capa de señal, el gerber usualmente incluirá una larga traza serpentina auto-superpuesta (o malla de trazas cruzadas) para llenar el área del polígono. Esto puede llevar a un archivo gerber muy grande.
En los días en que los gerbers se transfirieron a proveedores a través de módems de acceso telefónico, hubo una diferencia mucho mayor para reducir el tamaño de los archivos.
También puede haber una diferencia sutil en los tableros reales generados, porque las aperturas reales en una herramienta de fotoplotter deben generar las características (ya sean características positivas en un polígono o características negativas en una capa plana) conjunto de formas y tamaños disponibles.