¿Qué causa [a] gpio pin "pegado"?
Una posibilidad es el daño ESD. Como ejemplo, hace unos 25 años, en un entorno con lotes de electricidad estática, terminé con un pin de entrada de MCU que también estaba "pegado alto". Ese pin de la MCU estaba leyendo parte de una entrada de matriz de teclado, y yo había tocado el teclado mientras todavía estaba cargado de estática. :-( No hubo resistencias u otra protección entre el teclado y los pines MCU.
Con la alimentación apagada, realmente podría medir el daño interno de ESD en la MCU, ya que había una baja resistencia entre ese pin y la fuente de alimentación de 5V. Por supuesto, eso detuvo las pulsaciones de detección de pin, lo que debería cambiar el estado de ese pin, se quedó alto.
Sin embargo, el resto de la MCU continuó trabajando, lo que sugiere que el daño de ESD era local a ese pin, por ejemplo. quizás las estructuras de protección ESD en el silicio, que están cerca de cada pin, son las que dañé solo para ese pin.
Como mencionó que ha estado haciendo muchos prototipos con esa placa, entonces el daño por ESD parece una posibilidad definitiva. Si el daño es como mi ejemplo, entonces es posible que los otros pines y el resto de la MCU no estén dañados, como también descubrió. Sin embargo, ahora la MCU puede tener un mayor consumo de energía (debido a un exceso de fuga de corriente a través del área del daño de ESD), puede que no se comporte completamente normalmente (dependiendo de qué daño se haya hecho) y podría tenga un consumo de energía mucho más alto (quizás más alto), si intenta configurar ese pin "bajo" (lo que puede hacer que el exceso de corriente fluya en los MOSFET de salida del canal N del lado bajo de ese pin ).
Si esta hipótesis es cierta, entonces para responder tu pregunta, no, no hay nada que puedas hacer para solucionarlo.