No haría la generalización de que los MOSFET pueden manejar una corriente más alta y son más eficientes energéticamente. Depende mucho de la aplicación.
Los BJT pueden ser más baratos que los FET. Esto es especialmente cierto para la conmutación de alto voltaje, donde el área de troqueles mucho más grande de los FET los hace mucho más caros. Es por eso que ve los IGBT utilizados para los controles de motores de mayor voltaje. Los IGBT aún no pueden competir con los FET por la velocidad de cambio (el problema del operador minoritario), pero a menudo la operación a 20 kHz es lo suficientemente rápida.
Los BJT también tienen algunas diferencias con los FET que pueden hacerlos más convenientes en algunas aplicaciones. Los BJT comienzan a activarse alrededor de 0.7V, donde los FET en su mayoría tienen voltajes de umbral mucho más altos. Para bajos voltajes de alimentación que pueden ser útiles.
Para la conversión de potencia de alta frecuencia con magnéticos pequeños, BJT no puede tocar el FET y los FET ahora se usan casi exclusivamente en estas aplicaciones.