La interrelación de los diferentes buses es aproximadamente la siguiente:
/ SATA
CPU => Northbridge => PCI Bus => Southbridge => IDE
\ USB
Donde Northbridge y Southbridge son nombres dados a los dos chips del controlador principal dentro de una PC.
IDE y SATA realizan el mismo trabajo pero a través de diferentes medios físicos, son para conectar discos duros, etc.
IDE es "Dispositivo electrónico integrado", también conocido como "ATA" o "ATAPI" (Interfaz de periféricos ATA).
SATA es "Serial ATA", el mismo protocolo ATA pero serial en lugar de paralelo.
USB es un bus de comunicaciones serie que puede comunicarse con cualquier número de dispositivos, no solo con discos duros y otros dispositivos de almacenamiento. Habla un protocolo completamente diferente a la familia ATA.
PCI (y los derivados PCIe, etc.) están mucho más cerca de la CPU y, en general, proporcionan un acceso más directo a la CPU.
Editar:
Puede ver cómo todo está conectado en Windows a través del Administrador de dispositivos configurado en Ver dispositivos por conexión: