Utilizo el 4401/4403 como mis transistores de gelatina cuando no importa, y la mayoría de las veces no lo hace. Como usted dice, el 4401 y el 3904 tienen especificaciones similares, pero hay diferencias. El 3904 es mejor a corrientes realmente bajas, pero el 4401 puede manejar corrientes más altas.
La mayoría de las veces, el 4401 es lo suficientemente bueno, así que lo "estandaricé", ya que es más robusto y me encuentro con aplicaciones de 100 mA de más de 100 µA.
Una vez que elija algo como su parte de gelatina, querrá usarlo cuando sea lo suficientemente bueno. No desea que la compra y la fabricación tengan que lidiar con partes más diferentes de lo necesario. Personalmente, creo que el 4401 es una mejor opción para esto, ya que se ajustará a algunas aplicaciones más que el 3904, al menos por las cosas que suelo hacer.
Por lo tanto, no uso un 3904 en absoluto. En el caso relativamente inusual en el que necesito mucha ganancia a corrientes muy bajas, usaré otra cosa incluso más adecuada. El 3904 está demasiado cerca del 4401 que utilizo en volumen para que valga la pena almacenar.
Si elige el 3904 como su NPN de jellybean, entonces puede seguir usando un 4401 cuando necesite más corriente de la que el 3904 puede manejar, hasta unos 100 mA. Eso es porque el 4401 es una parte realmente barata en ese rango actual. Más allá de eso, vas a usar otra cosa, probablemente un transistor de potencia, de todos modos.