bus paralelo de 125 MHz en un encabezado doble de 2.54 mm

Creo que debería funcionar. Estos conectores parecen tener una capacidad relativamente baja.

Si realmente está preocupado por esto, puede intentar pasar una señal de 125 MHz o incluso más rápida del generador de laboratorio y ver qué está pasando en el osciloscopio.

Estos conectores se usaron para discos duros ATA, y trabajaban con cable de cinta bastante largo con una velocidad de bus de hasta 33MHz, por lo que sin ese cable de cinta no debería haber problemas con 125MHz (o señal diferencial de 125MHz).

Fuente:

ActualizaciónyreparacióndePCScottMueller

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A pesar de que las líneas se parecen a pares emparejados, no son (por su aspecto) coincidentes entre sí, por lo que es probable que los retrasos en cada uno de sus datos sean diferentes. Esto afectará al margen que tiene su interfaz (a menos que esté creando una placa hija personalizada, en cuyo caso puede compensar las diferencias en la demora haciendo que sus huellas sean más cortas cuando se conecten a trazas largas en la placa principal.

Habiendo dicho eso, es probable que las diferencias sean muy pequeñas, y a una velocidad de datos únicos de 125MHz (que es lo que es GMII), me imagino que estaría bien.

Más de un problema podría ser si hay suficientes conexiones a tierra para que las señales puedan cruzar limpiamente. Si hay muy pocas conexiones a tierra, obtendrás un "rebote en tierra", que en el peor de los casos hace que tu reloj parezca que tiene dos bordes donde debería haber uno.