Personalmente no agrego chaflanes manualmente. Utilizo la función "Teardrop" (que se encuentra en Herramientas > Teardrops, o acceso directo T-E):

Usandolaconfiguraciónanterior,estoesloqueobtengoenunauniónenT: 
Tambiénfuncionaenalmohadillas(orificiopasanteYSMD): 
Elusodelágrimasrealmenteayudaamejorarelaspectodesudiseñoyevitalosángulosagudosquepodríancausarproblemasdurantelafabricación.EnelcuadrodediálogoLágrimas,enelpanelOpciones,puedeconfigurarel"Estilo lágrima" en "Línea" en lugar de "Curvado" para obtener el chaflán exacto sobre el que pregunta:

EDITAR:estosebasaenelsupuestodequeestáejecutandoAltiumversión14.3osuperior.Antesdeeso,elmenúdeTeardropseradiferenteynoteníasoporteparalaslágrimasdeuniónenT.Enesecaso,enlugardeutilizarunauniónenTnormal,recomendaríaunaconexióncomoesta:

Sirealmentedeseaunchaflánrelleno,puededibujarloanteriorconlastrazasyluegocolocarunaregiónsólidatriangulareneláreavacía:

Estoterminapareciéndoseaesto: