No, las bibliotecas estándar de Arduino son en gran medida incompatibles con cualquier otra cosa que no sea AVR. En general, solo se admiten unas pocas variantes de ATmega (puede encontrarlas en el menú Herramientas = > Tablero). Las bibliotecas están estrechamente relacionadas con el hardware específico utilizado, por lo tanto, son incompatibles con otros dispositivos.
De hecho, esta es la razón por la que existen estas bibliotecas, ya que si desea portar un bosquejo de Arduino a hardware no compatible, todo lo que tiene que hacer es portar las bibliotecas a la nueva arquitectura.
Otro problema que tendrías que resolver es el hardware y el software del programador y la interfaz con el IDE de Arduino. Diferentes chips pueden usar diferentes algoritmos para la programación y, por supuesto, tienen un pin out diferente. Y, por supuesto, este programador necesita un controlador compatible.
He visto PICduino y, por supuesto, el Arduino Due, que tiene una arquitectura ARM. Así que es factible, pero no para los temerosos.