Por lo general, sí, suponiendo que te refieres a 32.768kHz cuando dices 32kHz, o el reloj funcionará a la velocidad incorrecta.
Primero necesitas saber qué pin IC es la entrada y cuál es la salida, como comentó Ignacio. Una medición rápida con su osciloscopio mostrará una señal fuerte de 32.768 kHz en un pin en el cristal y una señal débil en el otro. La señal más débil es la entrada.
Ahora necesita conectar la tierra del reloj a la tierra del DS3231 y acoplar capacitivamente la salida de 32.768 kHz del DS3231 a esa entrada, eliminando el cristal, por supuesto. El valor correcto de capacitancia es una conjetura, pero 22-100pF es probablemente el rango, y yo supongo que 33pf como punto de partida. Después de la capacitancia, debería ver una señal aproximadamente igual a la original. Si es mucho más grande, reduzca la capacitancia y viceversa. (Es posible que tenga que eliminar la capacitancia del trimmer, o girarlo a su configuración mínima, es decir, maximizar la señal de entrada)
Ah, y todavía necesitas la tensión de alimentación correcta, por ejemplo. la batería original.
Debería haber una buena copia limpia de su señal de 32.678kHz en el pin de salida original (ahora sin usar).