¿Cuál es la diferencia entre el reloj del procesador y el reloj del sistema?

El reloj del procesador se deriva del reloj del sistema, pero para el modo que usted menciona, simplemente está "desconectado" del núcleo del procesador. Por lo tanto, el reloj del sistema no se detiene (en Deep Sleep también se detiene), simplemente deja de alimentar el núcleo.

Desde la hoja de datos, el procesador tiene un reloj principal, del cual se deriva el reloj del sistema, como se muestra en la siguiente imagen:

Diferentes relojes controlan diferentes partes del microcontrolador. Uno de esos relojes controla el código principal, mientras que el otro controla los temporizadores. Al usar los modos de bajo consumo, apaga el reloj del código principal pero deja el otro encendido para que su temporizador o adc u otro periférico que se ejecuta en ese temporizador todavía funcione. Esencialmente todos los microcontroladores funcionan de esta manera.