Para complementar la respuesta de @vermaete:
Una entidad define una interfaz para un cuadro; Una arquitectura define lo que hay dentro. Si no tiene la misma interfaz, no tiene la misma entidad. Si tiene los mismos nombres de puerto, pero cada arquitectura los usa para diferentes propósitos, bueno, eso es legal, pero tal vez no sea recomendable, depende de los detalles.
Si desea utilizar varias arquitecturas simultáneamente, una alternativa a las configuraciones es simplemente usar la creación de instancias directas:
U1 : entity my_lib.my_comp(arch1)
...
U2 : entity my_lib.my_comp(arch2)
...
Si desea utilizar solo uno a la vez, es probable que se trate de algún tipo de configuración.