(1) Si un ATMega88 hizo el trabajo antes sin usar PWM, entonces use uno como esclavo permitiría la reutilización de la mayoría del software y hardware, a un costo similar al de un PCA9685.
(2) El mencionado PCA9685 controlador PWM es un muy buen IC. Pero si desea más flexibilidad y una adaptación más cercana a sus necesidades, casi cualquier procesador moderno de ciclo rápido hará la tarea con el software PWM.
Si quería 256 pasos (y posiblemente no lo hace para el control del motor) y una tasa de cuadros PWM de 1000 Hz (de nuevo bastante más rápido de lo que necesitarían la mayoría de los motores), dos procesadores tienen que tomar decisiones sobre 6 canales PWM 256 x 1000 = 256000 veces por segundo o una vez cada microsegundos. Un procesador que se ejecuta a una velocidad de instrucción de 20 Mhz (reloj de 20 MHz con una instrucción por ciclo o lo que sea) tiene 80 instrucciones para manejar esta actualización, lo cual se realiza fácilmente utilizando un sistema basado en temporizador de software ISR.
Es probable que el requisito sea menos exigente que el anterior. Un poco más rápido se podría manejar con el procesador adecuado. Una implementación mucho más rápida se "quedaría sin viento", pero es probable que no necesites ni esta velocidad.