Un transistor NPN básicamente es una pila de tres áreas dopadas de manera diferente de un semiconductor. El primero es N-dopado, el medio P-dopado y el último N-dopado.
Así que sí, a primera vista, puede intercambiar el colector y el emisor, y el transistor podría seguir funcionando.
Pero hay más magia: un transistor real está optimizado para cumplir sus especificaciones cuando se conecta correctamente, es decir, el interior no es simétrico. Si intercambias C y E, obtienes un nuevo transistor con especificaciones completamente diferentes, que no sabes. También es fácil sobrecargar y destruir el transistor cambiando C y E.
Una anécdota: cuando tenía unos 10 años, construí mis primeros circuitos y también comencé a grabar PCB. Mi primer intento fue un multivibrador astable con dos LED, y el diseño de PCB fue absolutamente simétrico a espejo. El circuito funcionó, pero un LED era diez veces más largo que el otro. Resultó que había reflejado el segundo transistor con respecto al primero, es decir, accidentalmente cambié C y E. Esto causó un comportamiento extraño, y después de quitar y soldar el segundo transistor, el circuito hizo lo que debía.